Depuis sa création à CHERCHELL en 1944, l’EMIA possédait deux drapeaux : celui de Saint Cyr pour les « Saint Cyriens » et celui de Saint Maixent pour les « corps de troupe ».

L’Ecole reçut des mains du Général de LATTRE de TASSIGNY un drapeau unique derrière lequel défilèrent au grand complet « corps de troupe » et « Saint Cyriens » sur les Champs-Elysées le 14 juillet 1946.

Déposé en 1947 au Musée du Souvenir lorsque l’Ecole prit la dénomination d’Ecole Spéciale Militaire Interarmes, ce même emblème en fut retiré le 6 novembre 1961 pour être confié à la nouvelle Ecole Militaire Interarmes.

Il porte les inscriptions réglementaires :

D'un côté, "République Française" et "Ecole Militaire Interarmes" et de l'autre, "Honneur et Patrie"

L’Ecole, en reprenant en partie les traditions de l’E.S.M.I.A., se voit autorisée par le Ministre de la Défense, en 1962 puis en 1968, « à accrocher à la hampe de son propre drapeau » la Croix de Guerre des Théâtres d’Opérations Extérieures avec palme, décernée à l’E.S.M.I.A.